Basilica Superiore
Cimabue e bottega si occuparono delle pareti del transetto (nord e sud) e del coro. Vi sono raffigurati:- Quattro Evangelisti,
- Storie della Vergine
- Due Crocifissioni
L'arrivo di Cimabue ad Assisi segnò l'ingresso nella prestigiosa committenza papale di artisti fiorentini e la scelta del maestro fu dettata quasi certamente dalla fama che aveva acquistato a Roma nel 1272, anche se non sono conosciute opere di Cimabue del periodo romano. Purtroppo gli affreschi di Cimabue e della sua bottega sono i più danneggiati di Assisi, poiché hanno subito un processo di ossidazione dei colori che ha reso i toni chiari scuri e viceversa, per cui sembra di essere di fronte a un negativo fotografico.
La scena più interessante è quella della Crocifissione nel transetto sinistro, dove le numerose figure in basso con i loro gesti straziati fanno convergere le linee di forza verso il crocifisso, attorno al quale si dispiega un seguito di angeli. la drammaticità quasi patetica della rappresentazione viene considerato il punto di arrivo della riflessione francescana sul tema della Croce in senso drammatico.
Jacopo Torriti, Costruzione dell'Arca
Dopo il completamento del transetto si iniziò a dipingere la navata con le Storie dell'Antico Testamento che si trovano nella fascia più alta vicino alle finestre, i lunettoni. La fascia superiore del lato nord inizia con le Storie della creazione, a partire dalla creazione del mondo fino all'uccisione di Abele. Con le Storie di Noè inizia il ciclo di una "nuova umanità", accompagnato poi dagli episodi legati ai patriarchi Abramo, Giacobbe e Giuseppe.
Per questa impresa vennero chiamati pittori romani tra i quali spiccarono Jacopo Torriti, attivo entro l'ultimo quarto del Duecento, e Filippo Rusuti.
Il Torriti, con vari aiuti, decorò la parte alta della prima campata (quella più vicina all'altare) e la volta della seconda[2], dopodiché venne richiamato a Roma per sovrintendere ad altri cantieri papali.
Lo stile "romano" mostra un retaggio più marcato verso modelli classici e paleocristiani, con figure solenni, auliche, dal gusto molto raffinato. Nella Volta dei Santi Torriti inserì il motivo tradizionale degli angeli che sostengono clipei con figure della Vergine, del Redentore, di San Giovanni e di San Francesco.
Maestro d'Isacco, Isacco respinge Esaù, Assisi, Basilica Superiore di San Francesco
Nelle scene dalla Costruzione dell'arca di Noè fino al Sacrificio di Isacco si nota un'impostazione più vivace accompagnata da una maggiore tensione, che testimoniano l'operato della scuola di Cimabue.
In particolare al pittore denominato Maestro d'Isacco sono attribuite le scene di Isacco che benedice Giacobbe e Esaù respinto da Isacco. Allo stesso pittore si attribuiscono anche i disegni per le Storie di Giuseppe, situati nella prima campata di destra. L'importanza di questo artista anonimo è notevole, ed alcuni critici vi hanno indicato la mano del giovane Giotto.
Storie di San Francesco Basilica Superiore
Omaggio dell'uomo semplice (Legenda maior, I,1) - La pittura non è di mano di Giotto
Francesco dona il mantello a un povero (Legenda maior, I,2). Il colore bianco del cavallo e delle colonne è diventato nero per effetto dell'ossidazione del colore dovuta ad umidità
Sogno delle armi (Legenda maior, I,3)
- Preghiera in San Damiano (Legenda maior, II,1)
- Francesco rinuncia ai beni terreni (Legenda maior, II,1). Le persone sono divise in due gruppi ben definiti, rappresentanti il passato e il futuro di Francesco; il giovane è ritratto a mani alzate verso la mano di Dio che appare in alto.
- Sogno di Innocenzo III (Legenda maior, III,10). Durante un sogno il Papa vede l'umile Francesco che regge la Basilica del Laterano.
- Innocenzo III conferma la Regola francescana (Legenda maior, III,10)
- Apparizione di Francesco su un carro di fuoco (Legenda maior, IV,4)
- Visione dei troni (Legenda maior, VI,6)
- Cacciata dei diavoli da Arezzo (Legenda maior, VI,9)
- Francesco davanti al Sultano (Legenda maior, IX,8). Francesco è sottoposto alla prova del fuoco; davanti a lui i preziosi regali donatigli dal sultano Melek el Kamel che, però, il frate rifiuta
- Francesco in estasi (Legenda maior, X,4)
- Presepe di Greccio (Legenda maior, X,7). Anche se le fonti indicano che il fatto è avvenuto a Greccio, nel reatino, l'ambientazione ricorda la Basilica inferiore di Assisi.
- Miracolo della sorgente (Legenda maior, VII,12)
- Predica agli uccelli (Legenda maior, XII,3)
- Morte del cavaliere di Celano (Legenda maior, XI,4)
- Predica davanti ad Onorio III (Legenda maior, XII,7)
- San Francesco appare al Capitolo di Arles (Legenda maior, IV,10)
- Francesco riceve le stimmate (Legenda maior, XIII,3)
- Morte di san Francesco (Legenda maior, XIV,6)
- Visioni di frate Agostino e del vescovo di Assisi (Legenda maior, XIV,6)
- Girolamo esamina le stimmate (Legenda maior, XV,4)
- Saluto di Chiara e delle sue compagne a Francesco (Legenda maior, XV,5)
- Canonizzazione di san Francesco (Luglio 1228, bolla papale Mira circa nos)
- Francesco appare a Gregorio IX (Legenda maior, Mir. II,1)
- Guarigione dell'uomo di Ilerda (Legenda maior, Mir. I,5) - La pittura non è di mano di Giotto, forse del Maestro della Santa Cecilia
- Confessione della donna resuscitata (Legenda maior, Mir. II,1) - La pittura non è di mano di Giotto, forse del Maestro della Santa Cecilia
- Francesco libera l'eretico Pietro di Alife (Legenda maior, Mir. V,4) - La pittura non è di mano di Giotto, forse del Maestro della Santa Cecilia
Basilica Inferiore
Cappella di San Martino
Simone Martini lavorò nella Cappella in almeno tre fasi. Iniziò i lavori nel 1312-1313, lasciando incompiuta la splendida Maestà del Palazzo Pubblico di Siena a cui stava lavorando. In questa prima fase realizzò i disegni per le vetrate, forse iniziò gli affreschi. Tornò a Siena intorno al 1314 per ultimare la Maestà del Palazzo Pubblico di Siena per poi tornare di nuovo ad Assisi dopo il giugno del 1315. Qui iniziò la seconda fase con la realizzazione di tutti gli affreschi della cappella. Nel 1317 fu chiamato da Roberto d'Angiò a Napoli, ma subito dopo tornò ad Assisi, per ultimare (e in alcuni casi rifare) gli affreschi di santi a figura intera sotto l’arcone di ingresso. I lavori furono compiuti probabilmente entro il 1318.
Descrizione
Le pareti laterali della cappella riportano un ciclo di dieci affreschi sulla vita di san Martino, vescovo di Tours. Il ciclo si legge dal basso verso l’alto partendo dal primo affresco in basso a sinistra. Le scene rappresentate sono le seguenti:San Martino divide il mantello con il povero

L’apparizione di Cristo e angeli in sogno a san Martino
L’investitura di san Martino a cavaliere
La rinuncia di san Martino alle armi
La visita all'imperatore il cui trono si incendiò
La resurrezione di un fanciullo ad opera del santo
La messa miracolosa in cui angeli coprirono le braccia del santo sprovviste di mantello (donato ad un povero)
Il sogno di sant’Ambrogio durante la messa in concomitanza con la morte di san Martino
La morte di san Martino
I funerali di san Martino